双罐式自动反冲洗过滤器多为两台过滤器(A和B)并联切换使用。正常过滤操作时，过滤器A全流量运行，过滤器B备机待用。当系统运行压差(总进、出口压力降)达到设定值或系统运行时间达到设定值时，过滤系统自动投用过滤器B，将过滤器A切出过滤操作。此时对过滤器A进行辅助液体反向冲洗，过滤器A反冲洗后备用。
双罐式自动反冲洗过滤器反冲洗再生操作是利用一定压力的氮气产生一股反向液流冲击，充分去除滤芯表面附着的滤饼并全部排出罐外。并且考虑到蜡油密度大、黏度高，双罐式自动反冲洗过滤器引入柴油作为浸泡液体，在氮气反冲洗前，设置了柴油浸泡过程，即在蜡油正常反冲洗后，注入柴油浸泡滤芯一定时间，再引入氮气将浸泡油排尽。